非営利組織の会計基準は、所管庁によって設定・改正されてきた経緯があり、以下のように法人形態ごとに異なっています。

	設立根拠法	会計基準
社会福祉法人	社会福祉法	社会福祉法人会計基準
学校法人	私立学校法、私学助成法	学校法人会計基準
公益社団法人、公益財団法人	一般法人法、公益認定法	公益法人会計基準
一般社団法人、一般財団法人	一般法人法	公益法人会計基準※
NPO法人	NPO法	NPO法人会計基準
医療法人	医療法	医療法人会計基準
宗教法人	宗教法人法	宗教法人の会計の指針

※公益目的支出計画が完了した移行法人、公益認定を予定しない一般社団法人・一般財団法人は、非営利法人として公益会計基準の優先適用が望ましいとされています。